據(jù)悉,根據(jù)2011年6月發(fā)表在《Applied and Environmental Microbiology》雜志上的一篇文章,土壤中的弗蘭克菌屬細(xì)菌有產(chǎn)生多種天然產(chǎn)物,包括抗生素、除草劑、色素、抗癌藥物和其他有用產(chǎn)品的潛力。New Hampshire大學(xué)微生物學(xué)和遺傳學(xué)副教授、弗蘭克菌屬專家Louis Tisa,促成了這項(xiàng)研究的基因組分析。
“我們能夠使用尖端技術(shù)來(lái)鑒別弗蘭克菌屬有機(jī)體內(nèi)的意想不到的化合物,”Tisa說(shuō)。由Scripps海洋學(xué)研究所Bradley Moore領(lǐng)導(dǎo)的研究人員發(fā)現(xiàn)弗蘭克菌屬的基因結(jié)構(gòu)類似于多種的珍貴的天然產(chǎn)物,利用這些天然產(chǎn)物可制造大部分的藥用的天然抗生素。
弗蘭克菌屬是與放線菌植物(包括山毛櫸、櫻桃樹(shù))共生的固氮菌,他們以前沒(méi)有被開(kāi)發(fā)利用,一部分原因是因?yàn)檫@些細(xì)菌在實(shí)驗(yàn)室中很難生長(zhǎng)。但新的遺傳學(xué)的方法使移植弗蘭克的有希望的天然產(chǎn)物的基因至更友好的宿主菌中變得更加容易。
Tisa與他的前研究生、現(xiàn)任實(shí)驗(yàn)室技術(shù)員Nicholas Beauchemin在該項(xiàng)目上合作,他說(shuō):“我們發(fā)現(xiàn)了一些獨(dú)特的、沒(méi)有人認(rèn)為要去這些細(xì)菌中尋找的物質(zhì)。”
Tisa的實(shí)驗(yàn)室提供了促進(jìn)基因組挖掘的生物學(xué)的觀點(diǎn),基因組挖掘是一個(gè)涉及基因序列搜索的最近技術(shù),它對(duì)于實(shí)驗(yàn)結(jié)果是關(guān)鍵的,并且對(duì)幾十年不變的艱苦的傳統(tǒng)天然產(chǎn)物藥物發(fā)現(xiàn)是一種補(bǔ)充,Moore說(shuō)。
該項(xiàng)目增加了一個(gè)研究生班,由Moore和共同作者Daniel Udwary(Moore的博士后,現(xiàn)在美國(guó)Rhode Island大學(xué))教授“微生物基因組挖掘”。這些學(xué)生-論文大多數(shù)的合著者-注釋了他們的基因和以生物合成的原則為基礎(chǔ),并預(yù)測(cè)了導(dǎo)致公認(rèn)的天然產(chǎn)物的途徑。然后,他們于加州California大學(xué)Pieter Dorrestein的實(shí)驗(yàn)室工作,Tisa進(jìn)行了初步的蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)的分析,以探測(cè)預(yù)測(cè)的途徑是否有效以及小分子的化學(xué)性質(zhì)是否顯而易見(jiàn)。
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